Указом Президента Российской Федерации заместитель Генерального прокурора Российской Федерации Юрий Пономарёв награждён орденом Александра Невского.

Указом Президента Российской Федерации В.В. Путина от 26.12.2017 № 627 за заслуги в укреплении законности, защите прав и интересов граждан, многолетнюю добросовестную работу заместитель Генерального прокурора Российской Федерации государственный советник юстиции 1 класса Ю.А. Пономарёв награждён орденом Александра Невского.